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  自13世纪中叶西藏地区正式归入元朝版图后,中国虽然经历了几代王朝的兴替,多次更换中央政权,但西藏一直处于中央政府的管辖之下。

  14世纪中叶,萨迦地方政权逐渐衰落。1354年,以降曲坚赞为首的帕竹噶举派成为西藏大部分地区的统治者,形成了政教合一的帕竹地方政权。在西藏帕竹
明封灌顶国师闸化王印及印文
  时期,元中央政府承认了这一事实,封降曲坚赞为大司徒。1368年明朝建立后,采取了普遍封赐的政策,对具有政治实力的地方诸教派首领均赐加以“王”、“法王”、“灌顶国师”等名号;王位的继承必须经皇帝批准,遣使册封。这时,达赖喇嘛和班禅喇嘛两大活佛系统所属的格鲁派兴起,三世达赖喇嘛索南嘉措向明廷入贡,获得明朝中央封赐的“朵儿只唱”名号。明朝中央对西藏地方的治理,沿袭了元朝的办法,先后设置乌思藏、朵甘两个“卫指挥使司”和“俄力思军民元帅府”,分别管理前后藏、昌都和阿里地区的军政事务。其间,帕竹地方政权在西藏部分地区建立了宗本制度,所在各宗的行政   首脑,明朝皆授以官职,使其既为宗本(相当于县长)又为中央命官。